Die Flensburger Altstadt erstreckt sich vom Nordertor über den Nordermarkt und den Südermarkt bis in die Rote Straße. Die Große Straße und ihre Verlängerung Holm durchqueren parallel zur Hafenlinie als Fußgängerzone und Haupteinkaufsstraße die Altstadt von Flensburg, zu welcher auch der westliche Teil des Fördehafens gerechnet wird. Die Altstadt lässt sich somit leicht vom Sportboothafen sowie vom ZOB aus erreichen. Das Nordertor bildete bis zum Jahr 1795 die nördliche Stadtgrenze Flensburgs. Der Südermarkt wird durch Giebelhäuser beherrscht, welche aus unterschiedlichen Epochen der Stadtgeschichte stammen. Am Nordermarkt befinden sich heute der Neptunbrunnen und acht Gaststätten. In den Sommermonaten herrscht dort eine rege Außengastronomie, welche das südländische Flair der nördlichsten Großstadt Deutschlands verstärkt, welches sich nicht zuletzt bei einem Blick über die Förde einstellt, auf dessen Ostseite der Stadtteil Jürgensby terrassenförmig angelegt und über Treppen erreichbar ist.

Die typische Bebauung der Flensburger Altstadt besteht in großzügig geschnittenen Häusern wohlhabender Kaufleute, welche heute häufig ein Ladenlokal im Erdgeschoss und mehrere Mietwohnungen in den oberen Stockwerken beherbergen. Ein weiteres typisches Kennzeichen der Altstadt Flensburgs stellen die Höfe dar, welche sich zwischen den einzelnen Häusern befinden, besonders in der Roten Straße werden diese heute für Freiluft-Gastronomie genutzt. Viele Höfe sind mit Statuen geschmückt und dienen auch heute noch den Bewohnern der angrenzenden Häuser als informeller Treffpunkt.

Zur Flensburger Altstadt gehört auch der Oluf-Samson-Gang. In diesem Gang sind die Häuser sehr niedrig und dienten zum Zeitpunkt ihrer Errichtung als Wohnhäuser für Seeleute und Handwerker. Heute befindet sich im Oluf-Samson-Gang das kleine Flensburger Rotlichtviertel.

Das Flensborg Hus wurde von 1723 bis 1725 als Waisenhaus errichtet und dient heute der dänischen Minderheit als Veranstaltungsort. Die dort durchgeführten Konzerte und Theateraufführungen sind selbstverständlich öffentlich zugänglich und werden auch gerne von deutschen Flensburgern besucht, welche auf diese Weise ihre dänischen Sprachkenntnisse verbessern können.